Лабораторія екології водних організмів розташована на Печенізькому водосховищі у селі Мартова Печенізького району Харківської області. Розташування лабораторії в унікальному лісостеповому комплексі дозволяє студентам ознайомитися з різними біотопами і екосистемами північного сходу лісостепу, проводити дослідження в галузі іхтіології, гідробіології, орнітології, ботаніки і систематики рослин, біоценології. Крім того, в лабораторії проводяться заняття з техніки підводних досліджень.

Створення на території Харківської області двох крупних штучних водосховищ дало можливість почати роботи з дослідження особливостей екології гідробіонтів в нових умовах — штучно створених крупних водоймах слабкопроточного типу.

В 1967 році за активного сприяння проректора з наукової роботи І. І. Залюбовського і під керівництвом В. С. Творовського створено іхтіологічний стаціонар. В тому ж році розпочато наукову роботу з вивчення екологічних проблем водойми і оточуючих його біотопів, що продовжується і сьогодні. В роботах з різної тематики активну участь брали як спеціалісти Харківського університету, так і учені всього СРСР. Тоді ж на базі стаціонару починається постійна робота студентів-біологів зі збору матеріалу для дипломних робіт.

В 1988 році лабораторія з науково-дослідної частини переводиться до навчальної частини і стає «Навчальною лабораторією екології водних організмів» при кафедрі зоології і екології тварин, очолює лабораторію В. С. Творовський. Після смерті першого завідувача, керівництво лабораторією приймає гідробіолог А. Н. Колесник, який очолює лабораторію до 2006 року. З 2006 по 2009 рік лабораторією завідував іхтіолог, доцент Г. А. Шандіков, який проводив фауністичні дослідження іхтіофауни.

Наразі основними науковими напрямками роботи лабораторії є екологія водних організмів, іхтіологія, карцинологія, екологія промислових риб і ракоподібних, паразитологія.

Щорічно на базі лабораторії готуються до захисту дипломні роботи, проводиться навчальна практика студентів-біологів, проводяться стаціонарні наукові дослідження, розробляються рекомендації з регулювання промислового вилову і зариблення водойми.