Музей археології , що існує при Харківському національному університеті імені В. Н. Каразина, майже ровесник самого університету, — є власником найстаріших фондів не тільки в Харківському регіоні. Свою історію він веде з 1807 року, коли при університеті було створено кабінет рідкостей. У тому ж році в нього надійшли артефакти й інші предмети старожитностей, привезені з Ольвії та Воронезької губернії. Приблизно в той же час доктор Ландбадом пожертвував етнографічну колекцію, зібрану ним під час першої російської кругосвітньої експедиції у 1803–1806 роках під керівництвом І. Ф. Крузенштерна.

У 1837 році при Харківському університеті створено Музей образотворчих мистецтв і старожитностей, куди були передані колекції різних кабінетів.

У ході підготовки та проведення в Харкові ХІІ Археологічного з’їзду (1902 рік) на території краю були розгорнуті масштабні дослідження. Розкопки проводили в цей час як харків’яни (Д. І. Багалій, В. О. Бабенко), так і іногородні. Знахідки цих експедицій, а також стародавності з приватних колекцій були представлені на виставці ХІІ Археологічного з’їзду. Велика частина цих предметів надійшла до Музею образотворчих мистецтв і старожитностей. Ця колекція й артефакти з розкопок археологів Харківського університету наступного років, послужили основою створеному при університеті у 1919 році Археологічного музею. З моменту створення і до 1936 року директором музею був О. С. Федоровський, один з ведучих українських археологів 20–30-х років ХХ століття.

У 1920 році, у зв’язку з ліквідацією Харківського університету, Археологічний музей одержав статус міського.

У 1933 році, з відновленням Харківського університету, Археологічний музей увійшов до складу історичного факультету. У результаті проведення планомірних археологічних розвідок і розкопок харківськими дослідниками у 20–30-х роках, колекція Археологічного музею виросла майже до 200 тисяч експонатів. У музеї зберігалася і нумізматична колекція, що нараховувала близько 40 тисяч монет і медалей..

У музеї утворилися одні з найкрупніших у державі та за її межами колекції предметів бронзового століття, скіфської епохи, античного часу, черняховської та салтівської культур.

У 1998 році, музей одержав назву — Музей археології й етнографії Слобідської України Харківського національного університету імені В. Н. Каразіна.